保冷管殼

保冷管殼的功能

為了提高蛋白質(zhì)預測和實(shí)驗數據之間的相互吻合度，PIR建立了一套系統，允許研究者們遞交、分類(lèi)、提取文獻信息。PIR提供了在超家族、域和模體水平上的對蛋白的分類(lèi)。PIR同時(shí)提供了蛋白的結構和功能信息，并給出了與其他40個(gè)數據庫之間的相互參考。PIR還提供了一個(gè)非冗余的蛋白質(zhì)數據庫，包括從PIR-PSD，SWISS-PROT，TrEMBL，GenPept，PDB收集來(lái)的約800，000條序列，對每條序列給出了一個(gè)符合的名稱(chēng)和相關(guān)文獻。為了提高數據庫的協(xié)同工作能力，PIR采用的數據庫框架，利用XML技術(shù)進(jìn)行數據發(fā)布。

除了蛋白質(zhì)序列數據以外，PIR保冷管殼還包含以下信息：

（1）蛋白質(zhì)名稱(chēng)、蛋白質(zhì)的分類(lèi)、蛋白質(zhì)的來(lái)源；

（2）關(guān)于原始數據的參考文獻；

（3）蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)的一般特征，包括基因表達、翻譯后處理、活化等；

（4）序列中相關(guān)的位點(diǎn)、功能區域。

保冷管殼提供三種類(lèi)型的檢索服務(wù)：

（1）基于文本的交互式查詢(xún)，用戶(hù)通過(guò)關(guān)鍵字進(jìn)行數據查詢(xún)。

（2）標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等。

（3）結合序列相似性、注釋信息和蛋白質(zhì)家族信息的   搜索，包括按注釋分類(lèi)的相似性搜索、結構域搜索等。